Institut Agama Islam Pangeran Dharma Kusuma Indramayu berawal dari Sekolah Tinggi Agama Islam Pangeran Dharma Kusuma Segeran Indramayu atau biasa disingkat STAIS Dharma Indramayu adalah perguruan tinggi di bawah naungan Yayasan Ibu Hj. Chodijah (Yabujah). Pada tahun 1998 berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Nomor: 11/SK/Yabujah/VII/1998 kampus ini pertama kali menyelenggarakan perkuliahan. Pada tahun 2003 berdasarkan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj.II/532/2003 tanggal 20 Nopember 2003, kampus ini berdiri secara resmi dengan nama Sekolah Tinggi Agama Islam Segeran Indramayu dengan dua program studi yaitu prodi Pendidikan Agama Islam dan prodi Mu’amalah. Pada tahun 2008, STAIS Indramayu berubah nama menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Pangeran Dharma Kusuma Segeran Indramayu berdasar izin penyelenggaraan dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/201 Tahun 2008 tanggal 20 Juni 2008.
STAI Pangeran Dharma Kusuma Segeran Indramayu tetap memiliki dua program studi Pendidikan Agama Islam dan Muamalah. Seiring dengan perkembangan dan tuntutan kebutuhan masyarakat di sekitar kampus maka pada tahun 2009 kampus ini membuka program studi Ekonomi Syariah dengan izin pembukaan program studi dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/614/2009, dan akhirnya pada tahun 2015 STAIS Dharma Indramayu mencoba untuk melebarkan sayapnya dengan membuka program studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) dan Pendidikan Guru Raudhatul Athfal (PGRA) berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 5260 Tahun 2015. Namun karena perubahan nomenklatur, prodi PGRA berubah menjadi Prodi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1322 tahun 2017.
Pada tahun 2024, STAI Pangeran Dharma Kusuma Segeran Indramayu berubah nama menjadi Institut Agama Islam Pangeran Dharma Kusuma Indramayu berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 877 tahun 2024.
Saat ini IAI PDK Indramayu menyelnggarakan program pendidikan S1 (sarjana) dan S2 (magister) yakni:
A. Fakultas Tarbiyah dan Keguruan
a. Pendidikan Agama Islam (S1)
b. Pendidikan Islam Anak Usia DIni (S1)
c. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (S1)
B. Fakultas Hukum dan Ekonomi Syariah
a. Hukum Ekonomi Syariah / Muamalah (S1)
b. Ekonomi Syariah (S1)
C. Program Pascasarjana
a. Pendidikan Agama Islam (S2)
b. Hukum Ekonomi Syariah / Muamalah (S2)
